Nebezpečí ohrožení v době povodní na řece Vltavě se výrazně snížilo vybudováním VD Lipno. Ale i přesto nebylo možné zabránit škodám při povodni v roce 2002, která byla odhadována na tisíciletou vodu. Katastrofální povodně ve střední Evropě byly způsobeny postupem dvou výrazných tlakových níží a s nimi spojených frontálních systémů přes střední Evropu v krátkém časovém odstupu za sebou. Obě tlakové níže zasáhly území České republiky svým nejdeštivějším sektorem. Obě navíc postupovaly jen zvolna, čímž se období trvalých srážek na našem území prodloužilo. Celkové úhrny srážek přesahovaly hodnoty 400 mm (viz následující obrázek), srážkové úhrny ve dnech 6.–15. 8. 2002. (zdroj „Výsledná zpráva o projektu Vyhodnocení katastrofální povodně v srpnu 2002 a návrhu úpravy systému prevence před povodněmi, VÚV TGM 2004).
Srážkové úhrny při povodni v srpnu 2002 (zdroj ČHMÚ)
Dvě mimořádně vydatné vlny srážek ve dne 6. 8.–7. 8. 2002 a 11. 8 –13. 8. 2002, které zasáhly postupně téměř celé území povodí Vltavy způsobily extrémní průtoky na bezmála všech tocích. Povodeň, která tím vznikla, překročila objemově i velikostí průtoků na mnoha lokalitách všechny známé povodňové průtoky a některé značky velkých vod byly při kulminacích skryty pod hladinou vody (zdroj Povodí Vltavy, státní podnik). Graf kulminace a ovlivnění povodňové vlny vlivem manipulace na VD Lipno ukazuje následující graf. Extrémní průtok se podařilo snížit o 150 m3/s.
Hydrologické údaje k povodni 2002, odtok z nádrže Lipno I
Kulminační průtoky, I. vlna, srpen 2002
Kulminační průtoky, II. vlna, srpen 2002
Ve městě Rožmberk nad Vltavou největší škody povodeň napáchala na komunikacích, čistírně odpadních vod a mostě přes řeku Vltavu. Bylo vyplaveno několik domů místních obyvatel. Škody byly vyčísleny zhruba na pět miliónů korun.
Fotografie z povodně 2002
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |