Povodeň 1. červena 1996 byla způsobená letní bouřkou. Při bouřce byla naměřena denní srážka 1.6.1996 na srážkoměrné stanici firmy METEOSERVIS 95 mm. Po této extrémní strážce se naplnil Hliněný rybník. Voda z rybníka pak vytekla sníženým místem u výpusti (viz fotografie) na silnici a spolu se srážkovou vodou z okolních pozemků jižní strany města po silnici do města. Na Chelčické ulici u odbočky na Sídliště Škorna došlo k zahlcení stoky a částečnému ucpání vtoku do kanalizace. Voda pak protékala sídlištěm Škorna a dále přes celé město do řeky Blanice.
Tato povodeň obyvatelstvo Vodňan velmi překvapila (v minulosti podobná povodeň však již několikrát byla). Od začátku lijavce do příchodu povodně do města uplynulo pouze několik hodin (cca 4 hodiny). Pršet začalo okolo 19.00 hodiny a okolo 23.00 hodin byly komunikace v blízkosti vpusti neprůjezdné.
Takovéto povodni se nedá zabránit. Dá se zabránit pouze ucpání vtoku do kanalizace, ale jen do jisté míry, podle velikosti plavenin. Při povodni byl na Chelčické ulici v místě odbočky na sídliště Škorna do prostoru kanalizační vpusti proudem stržen osobní automobil i s posádkou. Automobil se zachytil na stromě před vpustí do kanalizace. Posádku se podařilo vyprostit.
Pohled od Hliněného rybníka na Vodňany, směr proudění vody která vytékala v Hliněného rybníka 1.6.1996
Pohled od Hliněného rybníka na Vodňany přes propustek pod komunikací, směr vody která vytékala z Hliněného rybníka 1.6.1996
Přetékání hráze Hliněného rybníka v místě výpusti.
Křižovatka ulice Chelčická a odbočky na sídliště Škorna
Pohled na odbočku sídliště Škorna z křižovatky s ulicí Chelčická - voda tekla 1.6.1996 směrem do sídliště
Mapa průtoku vody skrze město