Největší povodně proběhly v roce 2002 a 2006.
Povodeň srpen 2002
Třetí největší změřená povodeň na horním toku Moravské Dyje, kulminace nastala 14. 8. 2002 po půlnoci průtokem 46,8 m3.s-1 na Profilu Moravská Janov (na úrovni Q10) a 342 m3.s-1 na profilu Dyje Podhradí (maximální výška hladiny byla 476 cm) a povodeň byla větší než padesátiletá. Nárůst průtoků zavinily extrémní srážky. Jednalo se o dvě srážkové epizody jdoucí 3 dny za sebou. 6. - 7.8. spadlo v Podyjí 60 – 130 mm srážek, 8. -10.8. pršelo jen minimálně a 11. -15.8. přišly srážky trvalého charakteru a spadlo dalších minimálně 120 mm, intenzivní srážky však netrvaly déle než dva dny.
Povodeň srpen 2002 (zdroj: http://iregion.dacicko.info/obr_3spa/index.html)
Povodeň březen 2006
Druhá největší povodeň za období pozorování, typem povodeň smíšená z jarního tání a doprovodných srážek. Kulminační průtok svou velikostí odpovídal stoleté vodě a činil 30. 3. 2006 v 4:00 hodin ráno 395 m3.s-1, výška hladiny byla 472 cm. Na vznik povodně mělo vliv několik faktorů najednou: jihozápadní cyklonální situace přinesla výrazné oteplení a srážky, mocnost sněhu byla velmi vysoká, půda promrzlá. V zimě 2005/2006 byly hodnoty výšky sněhové pokrývky ve středních nadm. výškách nejvyšší od začátku měření v roce 1961, na Českomoravské vrchovině byly sněhové podmínky jedny z nejrizikovějších. Půda byla v nižších polohách převážně promrzlá, ve středních nadm. výškách promrzlá do 5 – 10 cm a nad 600 m n. m. dlouhodobě promrzlá, pouze pod sněhem nepromrzla. Výrazné oteplení (do té doby byly teploty dlouhodobě pod bodem mrazu) a na březen vysoké srážky přinesla zvlněná studená fronta 28. 3. 2006.
Povodeň březen 2006
Povodeň červen 2006
29.6. později odpoledne došlo k výraznému vývoji bouřkových srážek v oblasti jižních a západních Čech a na horním toku Dyje. Bouřková aktivita přetrvávala po delší dobu, přičemž nejsilnější vývoj lze pozorovat právě v povodí Moravské Dyje. Silné srážky v okolí Dačic trvaly téměř bez přestávky od 15. do 24. hodiny a napršelo při nich na stanici Kostelní Myslová (7 km severně od města Dačice) téměř 90 mm. Od 3. do 7. hodiny UTC dne 30. června napršelo navíc 15-20 mm.
Typický pro tuto povodeň byl velmi rychlý nárůst povodňové vlny. 29.6.2006 se průtoky pohybovaly na Moravské Dyji na úrovni 150denní vody. Kulminační průtoky na Moravské Dyji v Janově byly dosaženy 30.6.2006 v ranních hodinách a doby opakování byly vyhodnoceny větší jak 1000 let.
Průběh povodně v jednotlivých částech obcí
Město Dačice – postupné zaplavování místních částí Dolní Němčice, Toužín a Prostřední Vydří. Ve zmíněných lokalitách došlo k zaplavení sklepů, v Toužíně i domů a hospodářských objektů. Ve městě Dačice došlo k zasažení tří bytů v ulici Nádražní.
Město Slavonice – zde bylo více či méně zasaženo cca 18 domů. Rovněž došlo k zatopení většiny sklepů v ulici gen. Svobody.
Obec Písečné – došlo k evakuaci 4 osob ze tří nemovitostí. Při povodni došlo k zatopení 21 nemovitostí. Byly poškozeny hráze rybníků, komunikace, kanalizace, čistírna odpadních vod, stržen most a mnoho dalších škod.
Obec Staré Hobzí – bylo zatopeno asi 30 sklepů, byli evakuováni turisté z blízkého kempu, došlo k protržení mostu na silnici z Janova do Nového Hobzí.
Obec Kostelní Vydří – došlo k zaplavení zemědělské usedlosti a několika dalších nemovitostí, dále bylo poškozeno několik rybníků.
Obec Volfířov – bylo zatopeno 8 rodinných domů a hospodářských objektů, u dalších nemovitostí byly zatopeny sklepy. Poškozena byla veřejná kanalizace, chodník i komunikace.
Obec Dešná – došlo k zatopení 9 rodinných domů a hospodářských objektů, u dalších nemovitostí byly zatopeny sklepy.
Denní odhad srážek počítaný z husté sítě srážkoměrných stanic z 29. června 2006