Území města se rozkládá na geomorfologickém celku Třeboňská pánev. Třeboňská pánev vznikla společně s pánví Českobudějovickou při procesech saxonské zlomové tektoniky během křídy (přibližně před 88 miliony let) jako reakce na horotvorné procesy alpinského vrásnění. Pánve byly vyplněny jezery, která byly odvodňována k jihovýchodu do oblasti nazvané Paratethys (pásmo pánví od západního předpolí Alp až do kaspické oblasti). Toto odvodňování bylo přerušeno až v pliocénu (přibližně před 4 miliony let), kdy došlo k oživení výzdvihů v oblasti Šumavy a Novohradských hor. Celá oblast pánví začala být odvodňována severním směrem a říční síť tak postupně nabývala dnešního rázu. Osou území je niva Lužnice, která je typická mezozoickými a kvartérními horninami
