Zájmové území leží v povodí řeky Vltavy a spadá tím tak k úmoří Severního moře. Je to oblast povodí Horní Vltavy s číslem hydrologického pořadí 1-08-03. Voda z katastrálního území Vlachovo Březí je odváděna dvěma povodími. Naprostá většina území je součástí povodí Libotyňského potoka (HLGP 1-08-03-036). Východní okraj katastrálního území spadá do povodí Lipovického potoka (HLGP 1-08-03-039).
Hlavním tokem území je Libotyňský potok (V01), pramenící ve Vimperské vrchovině, mimo zájmové území. Délka celého toku je 13,5 km s plochou povodí 40,3 km2. Délka toku v zájmovém území je 3,06 km. Tok přitéká na území ze západu v podobě přirozeného koryta a protéká kamennou přehrážkou (Obrázek č. 1), která zastává funkci poldru. Účelem výstavby průtočné sedimentační hráze bylo zachytit hrubé splaveniny, které v případě vyšších průtoků transportuje vodní proud. Průtočný předivný profil uprostřed hráze je dimenzován na průtok Q100 (20m3/s).
Intravilánem prochází Libotyňský potok v upraveném korytě. Do extravilánu tok vchází jako napřímený s upraveným korytem. Po několika povodních je však stav koryta nevhodný. Jsou zde vodou vymleta místa a poničené uložení betonových panelů. Koryto zde není udržováno a tak se zde nacházejí i vzrostlé stromy, spadané větve a vzrostlé traviny, které místy zcela zakrývají tok.
Obrázek č. 1 - Kamenná přehrážka na Libotyňském potoce
Libotyňský potok má na zájmovém území dva bezejmenné přítoky. Prvním je přítok (VO7) který odvodňuje severozápadní část území. Vodoteč se vlévá do Libotyňského potoka v intravilánu. Koryto toku je přirozené, v extravilánu protéká lesem a délka v této oblasti je 0,66 km. Významnějším přítokem je vodoteč (VO2), která přitéká do Libotyňského potoka z východní části zájmového území, vlévá se však v sousedním katastrálním území. Tato bezejmenná vodoteč má v extravilánu otevřené napřimené koryto o délce 1,08 km. Tento úsek je vyskládán kameny a betonovými dílci, je zarostlý travinou s břehovou vegetací tvořenou i vzrostlými stromy. Dle dostupných podkladů pramení tok v severní části zájmového území, která je využívána jako orná půda. Tok je zde zatrubněn o přibližné délce 1,27 km. Na toku se naházejí dva rybníky (Luže, Ládův rybník) a vodní nádrž (Koleno). V obvodu pozemkových úprav je jen rybník Luže se vzrostlou vegetací na hrázích. Rybník Luže je napájen dvěma vodotečemi, které tvoří pravostranné přítoky hlavní bezejmenné vodoteče. Severnější přítok (VO5) má celkovou délku 1,83 km. V extravilánu je to délka 1,65 km z toho 0,84 km zatrubněno. Otevřená část koryta je napřímena a prochází ornou půdou s orbou místy až na hranici koryta. Druhým pravostranným přítokem je vodoteč (VO4) o délce 1,78 km. Převážně je to tok extravilánu, a to délky 1,54 km. Z toho pouze 0,25 km je otevřený tok, jehož koryto je napřímené a upravené se vzrostlou vegetací. Poslední je levostranný přítok (VO3). Opět se jedná o napřímené a upravené koryto s vegetací, které protéká mezi trvalým travním porostem a ornou půdou o délce 0,40 km.
Posledním tokem území je Lipovický potok (VO6), do jehož povodí spadá východní okraj katastrálního území Vlachovo Březí. Lipovický potok pramení severně od obce Lipovice a v zájmovém území zaujímá délku 0,91 km. Pouze v délce 0,22 km je tokem otevřeným a napřímeným. Veškeré vodoteče jsou shrnuty v tabulce č. 2.
Další informace: Vodní toky
Vodní díla