Město Vlachovo Březí bylo v minulosti zasaženo několika letními povodněmi, které byly způsobeny regionálními nebo přívalovými dešti. Nejhorší situace nastala v roce 1995, která si tehdy vyžádala i evakuaci osob a ohrožovala lidské životy.
Povodeň 1995
Povodňová situace na Libotyňském potoce, která způsobila městu Vlachovo Březí nejvýznamnější škody dosahující 25 mil. Kč, nastala v noci z 31.5.1995 na 1.6.1995 (Obrázek č. 2). Hlavní příčinou proč měla povodeň z pohledu škod tak katastrofický důsledek byla extrémní srážka a z ní vycházející extrémní povrchový odtok. Bouřky se v daném území vyskytovaly již od 30.5.1995, tudíž povodí bylo nasycené. Srážkový úhrn dosáhl 80mm a kulminační průtok byl vyhodnocen na 70,6 m3/s, což je trojnásobná hodnota stoleté vody, na kterou je stanoven rozsah záplavového území. Druhým hlavním důvodem důsledků povodně bylo ucpání nekapacitního mostu v Purkyňově ulici na Velkou Stránku. Ucpaný most fungoval jakou vzdouvací objekt, který nebyl schopen převést značné množství spláví společně s velkým transportem splavenin, což způsobilo velké škody u nemovitostí v Nerudově a Žižkově ulici a také škody na pozemních komunikacích. Podle místních výpovědí probíhala povodňová událost velmi rychle. Voda doslova trhala asfalt a vrstvila ho do výše. Tvořily se terasy a zábrany, které neustále zvyšovaly hladinu a zaplavovaly nemovitosti ve velké části města. Voda v ulicích vířila a plavalo v ní velké množství dřeva a různého naplaveného materiálu, což ohrožovalo samotné životy občanů.
Povodeň 2002
Povodeň, která zasáhla město Vlachovo Březí v srpnu 2002, byla typickým, i když extrémním příkladem velké letní povodně způsobené rozsáhlými regionálními srážkami v jižních Čechách. Dvě mimořádné vydatné vlny srážek dne 6.8.2002 a 11.8.2002, které zasáhly postupně téměř celé území povodí Vltavy způsobily extrémní průtoky na bezmála všech tocích ve správě Povodí Vltavy, s.p. Povodeň, která tím vznikla, překročila objemově i velikostí průtoků na mnoha lokalitách veškeré známé povodňové průtoky a po jejím průběhu došlo k přepočtům N-letých vod. Během povodně docházelo k rozsáhlé devastaci upravených i neupravených koryt drobných vodních toků. Úpravy těchto toků byly zničeny nebo vážně poškozeny mnohdy v délce několika kilometrů. Obecně nejhorší situace byla na všech neupravených vodních tocích. Často docházelo k vývratům stromů v břehových porostech, ke změnám koryt těchto toků, k vytváření rozsáhlých nátrží a nánosů. Údržba koryta si vyžádala investiční činnost také na Libotyňském potoce, kde došlo k odstranění mostu a poražení ohrožujících stromů nad koupalištěm.
Povodeň 2009
Při povodni v červnu 2009 došlo v noci z 27.6.2009 na 28.6.2009 k výrazné srážkové události na rozvodí mezi Blanicí a Volyňkou, která způsobila prudký výrazný vzestup hladiny na horní Blanici. Na celém toku Blanice došlo k rozsáhlým rozlivům, zaplavení komunikací, zástavby a rekreačních objektů. Výrazné vzestupy byly i na většině drobných přítoků do řeky Blanice včetně Libotyňského potoka, kde došlo k poškození a zanešení místních komunikací. Přívalové deště způsobily zničení betonového opevnění mostu u Hálků, které následně ucpalo vtokový objekt a snížilo výrazně průtočnou kapacitu profilu mostního objektu. Dále došlo k odstávce ČOV a znečištění vodních zdrojů pod obcí Doubrava. Poškozený a zanesený byl také rybník Ládů. Ke zmírnění povodňových účinků bylo nutné pravidelné odčerpávání vody ze sklepních prostor zatopených objektů, odstraňování nánosů a znečištění na ČOV, kanalizaci a vodovodu.
Obrázek č. 2: Katastrofická povodeň z roku 1995