Území města je charakteristické polohou na obou březích řeky Vltavy, severní část území města pak i na březích řeky Lužnice. Soutok obou významných a vodnatých toků vytvářejících hluboká údolí a několik jejich drobných přítoků charakterizují i význam řešení problematiky protipovodňové ochrany města. První zmínky o městu pocházejí z 13. století, kolem historické části (kostel sv. Jakuba, náměstí, zámek) vzniklé na pravém břehu řeky postupně vznikla nová zástavba, výše ve svahu a také na levém břehu. Mezi významnější obce výrazně ohrožené při povodních dále náleží i Koloděje nad Lužnicí a Hněvkovice.
Údolí obou významných vodních toků jsou zalesněná a nacházejí se v nich chatové osady, velká část území města nad údolními nivami je poměrně plochá a bezlesá a využívaná v zemědělství, osídlení je spíše rozptýlené. Sklonitost některých svahů v kombinaci se zemědělským obhospodařováním je riziková z hlediska přívalových srážek.
