Další povodeň zasáhla povodí Vltavy a Lužnice v roce 2013 na přelomu května a června. Již 30. 5. 2013 byl na základě nepříznivé předpovědi srážek pro následující období zvýšen odtok z VD Lipno II na 20 m3/s. v ranních hodinách dne 31. 5. 2013 byl odtok dále navýšen na 30 m3/s. Dne 1. 6. 2013 bylo na základě nové hydrologické předpovědi přítoku do nádrže Lipno I rozhodnuto o zvýšení odtoku z Lipna II na 40 m3/s. v průběhu dne pak došlo k výrazné srážkové činnosti nad celým územím povodí Vltavy nad i pod nádrží. Přítok do nádrže Lipno I stoupal, v noci na 2. 6. 2013 bylo rozhodnuto o dalším zvýšení odtoku na 60 m3/s. Vzestup hladiny Vltavy pod vodní nádrží byl extrémní. z důvodu tohoto extrémního přítoku do Vltavy z mezipovodí pod VD Lipno II byla povodňovým orgánem (Povodňová komise Jihočeského kraje) nařízena mimořádná manipulace, která spočívala v postupném zvyšování odtoku tak, aby se nezhoršovala situace na vodním toku pod nádrží, zejména v Českém Krumlově a tím došlo k optimálnímu využití retenční schopnosti nádrže Lipno I. Odtok z nádrže Lipno II byl zvýšen dne 2. 6. ve 20.00 hod. na 80 m3/s a po půlnoci z 2. 6. na 3. 6. 2013 na 100 m3/s. Hladina v nádrži Lipno I kulminovala dne 4. 6. 2013 na kótě 725,33 m n.m. z důvodu nepříznivého vývoje dalších srážek a v rámci urychlení prázdnění nádrže Lipno I byl dne 5. 6. 2013 v 19.00 hod. zvýšen odtok z VD Lipno II na 115 m3/s a 7. 6. 2013 v 9.00 hod. až na 131 m3/s. Tímto odtokem se prázdnila nádrž Lipno I až do 9. 6. 2013, kdy se odtok začal postupně snižovat na 110 m3/s, 12. 6. 2013 na 90 m3/s a 13. 6. 2013 pak na 80 m3/s, čímž byla ukončena mimořádná manipulace. Těmito zvýšenými odtoky se vyprázdnil celý retenční prostor a část zásobního prostoru. Při dosažení kóty hladiny v nádrži 724,30 m n. m. se začal postupně vyrovnávat přítok s odtokem na úrovni 40 m3/s a následně 20 m3/s. Pro transformaci povodňové vlny byl využit volný zásobní prostor nádrže a 43 cm retenčního prostoru. Kulminační přítok do nádrže dle bilančního výpočtu činil 340 m3/s. Odtok z nádrže v době kulminace přítoku činil 60 m3/s. Maximální odtok z nádrže (Lipno II) byl na úrovni 131 m3/s. Hlavním přínosem provedených manipulací bylo kromě snížení kulminačního průtoku v době kulminace přítoku do nádrže o cca 209 m3/s (transformace z Q100 na hodnotu Q5 v profilu vodočtu Vyšší Brod) také časové oddálení maxima na odtoku. Nepřímo byl v nádrži Lipno I ztransformován též přítok z mezipovodí VD Lipno I a VD Lipno II, který při nástupu povodně činil až 50 m3/s.
V povodí Vltavy pod soutokem s Malší v profilu České Budějovice došlo také k výraznému překročení 3. SPA. Kulminace byla 2. 6. 2013 v 18.00 hod. při průtoku 628 m3/s. Hydrologicky odpovídal kulminační průtok hodnotě Q20–Q50. Na dolním toku Vltavy nedošlo k vybřežení do zástavby. V Českých Budějovicích se prováděly zabezpečovací práce na pravém břehu Jiráskova nábřeží (výstavba mobilního protipovodňového hrazení). Dále se provádělo na několika místech kolem soutoku Malše a Vltavy pytlování dle povodňového plánu města Č.Budějovice. v Hluboké nad Vltavou došlo zaplavení částí obce s názvem „Hamry“. Dále pod VD Hněvkovice došlo k zaplavení mlýna na jezu Hněvkovice.
Na středním a dolním toku Lužnice proběhla povodeň ve dvou vlnách. První povodňová vlna byla výrazně vyšší než druhá. Na Lužnici v profilu Klenovice došlo k překročení 3. SPA. Kulminace byla 5. 6. 2013 v 9.20 hod. při průtoku 204 m3/s. Hydrologicky odpovídal kulminační průtok hodnotě Q10–Q20. Při druhé povodňové vlně došlo ke krátkodobému dosažení 3. SPA. Nejvýraznější vzestup zaznamenal dolní tok Lužnice v profilu Bechyně. v tomto profilu došlo vlivem intenzivní srážkové činnosti 100 mm k výraznému překročení 3. SPA (o 263 cm). Kulminace byla 2. 6. 2013 v 14.40 hod. při průtoku 561 m3/s. Hydrologicky odpovídal kulminační průtok hodnotě >Q100. Při druhé povodňové vlně došlo stejně jako v Klenovicích ke krátkodobému dosažení 3. SPA. Na středním toku Lužnice od Veselí nad Lužnicí po Tábor došlo k rozlivům do říční inundace. Ve městě Veselí nad Lužnicí povodňovou situaci výrazně zlepšila právě prováděná práce na protipovodňových opatření, došlo zde k zaplavení několika nemovitostí. Dále po toku až k Táboru nedošlo díky dokončeným protipovodňovým opatřením a jejich funkčnosti k zaplavení nemovitostí. v Klenovicích (Ovčín) se provádělo pytlování a čerpání vody. k zaplavení nemovitostí nedošlo. Po celém toku Lužnice došlo k rozlivům do zahrad, chatových kolonií a tábořišť. Na dolním toku Lužnice došlo k největším škodám zejména ve městě Bechyně, kde došlo k zaplavení několika nemovitostí na obou březích, stejně tak zde došlo k zaplavení komunikací. Další zaplavené nemovitosti a komunikace byly v obcích Černýšovice a Dobronice. Po celém úseku toku v úseku od Tábora až po soutok s Vltavou došlo k zaplavení rekreačních objektů a budov mlýnů. v Dobronicích, v lokalitě „Na Papírně“ došlo k sesunutí svahu a zničení příjezdové komunikace k chatám.
Výrazný vzestup dolního toku Lužnice podpořil i výrazný přítok ze Smutné. v tomto povodí proběhla povodeň v jedné vlně. Na jeho horním toku v profilu Božetice došlo k výraznému překročení 3. SPA (o 50 cm). Kulminace byla 2. 6. 2013 v 16.50 hod. při průtoku 60,1 m3/s. Hydrologicky odpovídal kulminační průtok hodnotě Q50. Na dolním toku Smutné pod soutokem s Milevským potokem v profilu Rataje došlo také k výraznému překročení 3. SPA (o 100 cm). Kulminace byla 2. 6. 2013 v 12.00 hod. při průtoku 136 m3/s. Hydrologicky odpovídal kulminační průtok hodnotě Q100. Na Smutné došlo k vybřežení prakticky na celém toku. k zaplavení nemovitostí došlo v k.ú.Bechyně, Rataje, Srlín, Hanov, Božetice, Jistebnice. Dále došlo k zaplavení rekreačních nemovitostí a mlýnů. v lokalitě u Vyhnalů došlo k destrukci rybníka Na Drážkách (U Kakosů).
Situaci v Týně nad Vltavou nejlépe vystihují články Radničních novin a měsíčníku Vltavín:
2013 – Radniční noviny: Povodně 2013
2013 – Vltavín: Povodeň v Týně nad Vltavou
Další informace: mapa Historické povodně evidované v DIBAVOD