Příčinou vzniku povodně byla jednoznačně kombinace velkých sněhových zásob, které zejména ve středních nadmořských výškách přetrvaly až do konce března, s vysokými teplotami zaznamenanými 27.3.2006, a s intenzivními srážkami (26.3. a 29.3.2006) na frontálních rozhraních.
Nástup povodně je patrný z následující tabulky vodního stavu a průtoku Q (m3.s-1) ze stanice LG Klenovice na toku řeky Lužnice (aktuální stav: ČHMÚ, PVL).
Kombinací intenzivních srážek s táním sněhových zásob došlo ke zvýšení hladin u jednotlivých povodí. Starosta města na základě podkladů od povodňové komise města Tábora vyhlašoval stavy pohotovosti v části města Tábora podle § 78. odst. 3, písm. h), zákona č. 254/2001 Sb. o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů následovně:
27. 3. 2006 v 16:00 hodin vyhlášen 2. stupeň povodňové aktivity – stav pohotovosti pro povodí Chotovinského potoka v místní části Zárybničná Lhota |
 |
27. 3. 2006 ve 20:45 hodin vyhlášen 3. stupeň povodňové aktivity – stav ohrožení pro povodí Chotovinského potoka v místní části Zárybničná Lhota |
 |
28. 3. 2006 v 06:00 hodin vyhlášen 2. stupeň povodňové aktivity – stav pohotovosti pro povodí Košínského (Tismenického) potoka v místní části od Malého Jordánu až po ústí Košínského (Tismenického) potoka do Lužnice |
 |
28. 3. 2006 v 07:30 hodin vyhlášen 2. stupeň povodňové aktivity – stav pohotovosti pro povodí řeky Lužnice ve správním území města Tábora |
 |
28. 3. 2006 v 16:45 hodin vyhlášen 3. stupeň povodňové aktivity – stav ohrožení pro povodí Košínského (Tismenického) potoka v místní části od Malého Jordánu až po ústí Košínského (Tismenického) potoka do Lužnice |
 |
28. 3. 2006 ve 20:45 hodin vyhlášen 3. stupeň povodňové aktivity – stav ohrožení pro povodí řeky Lužnice na území města Tábora |
 |